CENTRO DE INVESTIGACION DEL CANCER

  • Laboratorio 19

Javier de las Rivas Sanz

Bioinformatics and Functional Genomics

Biography

MSc in Biology and PhD in Biochemistry and Molecular Biology by the University of the Basque Country (1990). From 1990 to 1993 Post-Doctoral Researcher at the Imperial College of Science, Technology and Medicine (London, UK). From 1993 to 1998 Associate Professor in the Department of Biochemistry and Molecular Biology of the University of the Basque Country at the Faculties of Pharmacy and Science, teaching Biochemistry, Biomolecules and Metabolism Regulation. In 1998 gained a position as "Cientifico Titular" in the CSIC and in 2006 he became "Investigador Cientifico". His research as experimental biochemist focused on biochemical studies on protein structure and function, mainly on redox proteins. Since 1998, he works in the new field of Bioinformatics and Systems Biology, with two stays for specialization in 1998 in the EMBL (Heidelberg, Germany) and in 2000-2001 in the Mount Sinai School of Medicine (New York, USA). Since 2002 he is staff scientist in the CIC (Salamanca, Spain) and leader of a research group in Bioinformatics, Functional Genomics and Systems Biology.

Javier de las Rivas Sanz
Contact


Dr. Javier De Las Rivas
Grupo de Investigación Bioinformática y Genómica Funcional
Laboratorio 19
WEB PAGE: http://bioinfow.dep.usal.es/

+34 923 294819
+34 923 294743
jrivas(at)usal(.)es

Centro de Investigación del Cáncer (CiC-IBMCC, Universidad de Salamanca-CSIC)
Campus Universitario Miguel de Unamuno s/n
37007 Salamanca
SPAIN

Areas of Research

MSc in Biology and PhD in Biochemistry and Molecular Biology by the University of the Basque Country (1990). From 1990 to 1993 Post-Doctoral Researcher at the Imperial College of Science, Technology and Medicine (London, UK). From 1993 to 1998 Associate Professor in the Department of Biochemistry and Molecular Biology of the University of the Basque Country at the Faculties of Pharmacy and Science, teaching Biochemistry, Biomolecules and Metabolism Regulation. In 1998 gained a position as "Cientifico Titular" in the CSIC and in 2006 he became "Investigador Cientifico". His research as experimental biochemist focused on biochemical studies on protein structure and function, mainly on redox proteins. Since 1998, he works in the new field of Bioinformatics and Systems Biology, with two stays for specialization in 1998 in the EMBL (Heidelberg, Germany) and in 2000-2001 in the Mount Sinai School of Medicine (New York, USA). Since 2002 he is staff scientist in the CIC (Salamanca, Spain) and leader of a research group in Bioinformatics, Functional Genomics and Systems Biology.

Projects

  • JUNTA DE CASTILLA Y LEON (2026-2000)

    Identificación por métodos bioinformáticos de la red de genes que caracterizan un clasificador predictor de hempatías malignas a partir de datos de microarrays de expresión genómica

  • Junta de Castilla y León (2018-2000)

    Transcriptómica y epegenómica de células stem mesenquimales MSC normales y alteradas en hemopatías malignas

  • INSTITUTO DE SALUD CARLOS III (2018-)

    Proyecto de investigación en biología integrativa y de sistemas que busca desarrollar y aplicar tecnologías y herramientas de análisis bioinformático a datos genómicos y proteómicos de muestras de pacientes con hemopatías malignas (principalmente de síndromes mielodisplásicos, MDS, y también de mieloma múltiple, MM) y de células implicadas en inmunomodulación. El proyecto encaja en las líneas de investigación prioritarias de la convocatoria AES 2018 [Resolución 28.dic.2017, artículo 4.2.a y b; y Orden de Bases 3.2.a, .b y .e] y continua con el trabajo científico del grupo en los últimos años, proponiendo los siguientes objetivos concretos: [1] Selección y categorización clínica de muestras de cohortes amplias de pacientes con datos clínicos (incluyendo si es posible tiempos de respuesta y supervivencia) y datos proteo-genómicos asociados para las enfermedades objetivo. [2] Desarrollo y aplicación de métodos bioinformáticos para análisis integrativo de datos de muestras de pacientes obtenidos por técnicas complementarias de escala ómica para búsqueda combinada de biomarcadores: expresión de diferencial de mRNAs y miRNAs; metilación y expresión; splicing alternativo y expresión; expresión génica y variantes genotípicas (eQTL) (ya sean por mutaciones germinales o somáticas); proteo-genómica con medida en paralelo de genes y proteínas. [3] Construcción de redes de coexpresión y coregulación génica (gene regulatory networks) con algoritmos de información mutua y de busqueda de "master regulators" (i.e. ARACNe, VIPER, etc) sobre datos transcriptómicos de series amplias de las enfermades objetivo con subtipos patológicos de interés; e integración de estas redes con redes de interacción molecular de proteínas (protein interaction networks). [4] Construcción y comparación de los perfiles genómicos integrados (derivados de los métodos descritos en 2 y 3) de las células malignas propias de MDS y de MM, y también de las células inmunomoduladoras presentes en el nicho hematopoyético: principalmente células madre mesenquimales (MSCs), produciendo para estas datos a nivel de "single-cell"). [5] Desarrollo y aplicación de métodos de inteligencia artificial ("deep learning") para la identificación robusta de genes marcadores de linaje celular, de estado o clase y de progresión tumoral; y para la construcción de predictores de pronóstico y respuesta terapeutica a tratamiento. [6] Análisis y validación de genes marcadores y genes reguladores encontrados, mediante estudios de supervivencia basados en seguimientos temporales de pacientes que permitan derivar asignaciones de riesgo. El proyecto se apoya en 2 colaboraciones internacionales clave: Dr. Nicholas Luscombe (Francis Crick Institute and Cancer Research UK, London) para análisis de datos NGS y regulación transcriptómica; Dr. Marc Vidal (Dana-Farber Cancer Institute and Harvard Medical School, Boston) para proteómica e interactómica. El trabajo se plantea además en estrecha colaboración con grupos clínicos expertos en las patologías abordadas: Dra. María-Victoria Mateos y Dr. Fermín Sánchez-Guijo (HUS, Salamanca).

  • INSTITUTO DE SALUD CARLOS III (2017-)

    Over the years the INB has become a clear reference of the Spanish Bioinformatics Community. However, the continuous scientific, technological and societal advances demand to the INB to adapt and extend its activities beyond the initial proposal. The recent incorporation of Spain to ELIXIR has also brought new opportunities and challenges. ELIXIR is an intergovernmental organisation that brings together life science resources from across Europe. These resources include databases, software tools, training materials, cloud storage and supercomputers. There are 4 use-cases to better articulate the use and interconnection of those resources at different levels. Nowadays, the INB co-leads 4 different work packages at the European H2020 project EXCELERATE which aims to accelerate the implantation of ELIXIR across participating countries. The translation of genomic knowledge into the clinical practice requires coordinated work of various agents, including research and clinical groups, large sequencing infrastructures, analysis platforms and data integration. It is essential to have pilot projects aimed at standardizing circuits and procedures that facilitate the deployment at the Spanish National Health System. Areas in which genomic information can have an immediate impact on clinical practice are in recognizing individuals with genetic risk of developing cancer, in identifying groups of patients who may benefit from therapies based on genomic profiles of tumors and in the identification of the specific variant/s causing a rare disease to a patient. To deliver the right implementation of the Precision Medicine in the Hospitals of the Spanish National Health System, it is also needed to integrate information from biomedical images and electronic health records using a variety of data and text-mining techniques. There are two main objectives which determine the strategic planning for the period 2018 - 2020, and a number of specific ones considering the current leading role in ELIXIR of the INB, and the opportunities and challenges of bringing together a diverse but complementary research and clinical bioinformatics groups. ESTE PROYECTO ESTÁ COFINANCIADO POR EL FONDO EUROPEO DE DESARROLLO REGIONAL (FEDER). “Una manera de hacer Europa”

  • FUNDACION BBVA (2016-2000)

    Bioinformatics for statistical and functional analisis of geneme-wide expression data from cancer clinical samples

  • JUNTA DE CASTILLA Y LEON (2005-2000)

    Reverse engineering and artificial intelligence applied to genomic data to define gene networks and search for biomarkers in hematological cancer

  • INSTITUTO DE SALUD CARLOS III (2003-2000)

    Análisis estadístico y biológico por métodos bioinformáticas de resultados de chips genómicos de hemopatías malignas.

  • UNIVERSIDAD DE SALAMANCA (2001-2000)

    Modelo tridimensional por métodos computacionales y bioinformáticos de proteinas implicadas en la formación del complejo pre-replicataivo de eucariotas y análisis de estructura y función de sus macro y micro

  • Ministerio de Economía y Competitividad (2001-2000)

    PROTEIN INTERACTOME: Construction a new human protein nteractome Reference Set hsRS-PPl combining proteomic and bioinformatic work; steps to build a more comprehensive human interaction network.

  • Instituto de Salud Carlos III (2001-2000)

    Biología molecular integrativa de hemopatías malignas: análisis bioinformáticas de datos transcriptómicos y proteómicos para identificar genes marcadores, genes causales y redes reguladoras asociadas a subclases patológicas de dos síndromes proliferativos

  • Celgene Research S.L.U. (2001-2000)

    “Sponsored Research Agreement”

  • Instituto de Salud Salud Carlos III (2001-2000)

    ESTUDIO DE REDES FUNCIONALES DE GENES Y PROTEINAS POR METODOS BIOINFORMATICOS A PARTIR DE DATOS GENÓMICOS DE EXPRESIÓN Y DE INTERACCIÓN.

  • Fundación Solorzano (2001-2000)

    Expresión Genómica y cáncer: análisis bioinformática y construcción de un predictor multiclase para leucemias.

  • Instituto de Salud Carlos III (2001-2000)

    Genómica integrativa de leucemias y mieloma: estudio bioinformática de transcriptomas e interactomas a nivel omico para desentrañar los estados patológicos, redes derivadas y nodos críticos de estas enfermedades

Junta de Castilla y León Ministerio de economía y competitividad Fondo europeo de desarrollo regional
Publications

(*) Means equal contribution as senior authors.



2024

Cabergoline as a Novel Strategy for Post-Pregnancy Breast Cancer Prevention in Mice and Human.

García-Sancha N, Corchado-Cobos R, Blanco-Gómez A, Cunillera Puértolas O, Marzo-Castillejo M, Castillo-Lluva S, Alonso-López D, De Las Rivas J, Pozo J, Orfao A, Valero-Juan L, Patino-Alonso C, Perera D, Venkitaraman AR, Mao JH, Chang H, Mendiburu-Eliçabe M, González-García P, Caleiras E, Peset I, Cenador MBG, García-Criado FJ, Perez-Losada J, 
Res Sq; 2024; (); rs.3.rs-3854490; 38405932


2023

Immune stress suppresses innate immune signaling in preleukemic precursor B-cells to provoke leukemia in predisposed mice.

Isidro-Hernández M, Casado-García A, Oak N, Alemán-Arteaga S, Ruiz-Corzo B, Martínez-Cano J, Mayado A, Sánchez EG, Blanco O, Gaspar ML, Orfao A, Alonso-López D, De Las Rivas J, Riesco S, Prieto-Matos P, González-Murillo Á, Criado FJG, Cenador MBG, Ramírez-Orellana M, de Andrés B, Vicente-Dueñas C, Cobaleda C, Nichols KE, Sánchez-García I, 
Nat Commun; 2023; 14(1); 5159; 37620322

METTL1 promotes tumorigenesis through tRNA-derived fragment biogenesis in prostate cancer.

García-Vílchez R, Añazco-Guenkova AM, Dietmann S, López J, Morón-Calvente V, D'Ambrosi S, Nombela P, Zamacola K, Mendizabal I, García-Longarte S, Zabala-Letona A, Astobiza I, Fernández S, Paniagua A, Miguel-López B, Marchand V, Alonso-López D, Merkel A, García-Tuñón I, Ugalde-Olano A, Loizaga-Iriarte A, Lacasa-Viscasillas I, Unda M, Azkargorta M, Elortza F, Bárcena L, Gonzalez-Lopez M, Aransay AM, Di Domenico T, Sánchez-Martin MA, De Las Rivas J, Guil S, Motorin Y, Helm M, Pandolfi PP, Carracedo A, Blanco S, 
Mol Cancer; 2023; 22(1); 119; 37516825


2022

Transient inhibition of the JAK/STAT pathway prevents B-ALL development in genetically predisposed mice.

Casado-García A, Isidro-Hernández M, Oak N, Mayado A, Mann-Ran C, Raboso-Gallego J, Alemán-Arteaga S, Buhles A, Sterker D, Sánchez EG, Martínez-Cano J, Blanco O, Orfao A, Alonso-López D, De Las Rivas J, Riesco S, Prieto-Matos P, González-Murillo Á, Garcia Criado FJJ, García Cenador MB, Radimerski T, Ramírez-Orellana M, Cobaleda C, Yang JJ, Vicente-Dueñas C, Weiss A, Nichols KE, Sánchez-García I, 
Cancer Res; 2022; ; canres.3386.2021; 35131871


2020

Inhibition of inflammatory signaling in Pax5 mutant cells mitigates B-cell leukemogenesis.

Isidro-Hernández M, Mayado A, Casado-García A, Martínez-Cano J, Palmi C, Fazio G, Orfao A, Ribera J, Ribera JM, Zamora L, Raboso-Gallego J, Blanco O, Alonso-López D, De Las Rivas J, Jiménez R, García Criado FJ, García Cenador MB, Ramírez-Orellana M, Cazzaniga G, Cobaleda C, Vicente-Dueñas C, Sánchez-García I, 
Sci Rep; 2020; 10(1); 19189; 33154497

Stromal SNAI2 is required for ERBB2 breast cancer progression.

Blanco-Gómez A, Hontecillas-Prieto L, Corchado-Cobos R, García-Sancha N, Salvador N, Castellanos-Martín A, Sáez-Freire MDM, Mendiburu-Eliçabe M, Alonso-López D, De Las Rivas J, Lorente M, García-Casas A, Del Carmen S, Abad-Hernández MDM, Cruz-Hernandez JJ, Rodríguez-Sánchez CA, Claros-Ampuero J, García-Cenador B, García-Criado J, Orimo A, Gridley T, Perez-Losada J*, Castillo-Lluva S*, 
Cancer Res; 2020; ; canres.0278.2020; 33023950

An intact gut microbiome protects genetically predisposed mice against leukemia.

Vicente Dueñas C, Janssen S, Oldenburg M, Auer F, González Herrero I, Casado-García A, Isidro-Hernández M, Raboso-Gallego J, Westhoff P, Pandyra AA, Hein D, Gössling KL, Alonso-López D, De Las Rivas J, Bhatia S, García-Criado FJ, García Cenador MB, Weber APM, Köhrer K, Hauer J, Fischer U, Sánchez-García I, Borkhardt A, 
Blood; 2020; ; blood.2019004381; 32911536

A reference map of the human binary protein interactome.

Luck K, Kim DK, Lambourne L, Spirohn K, Begg BE, Bian W, Brignall R, Cafarelli T, Campos-Laborie FJ, Charloteaux B, Choi D, Coté AG, Daley M, Deimling S, Desbuleux A, Dricot A, Gebbia M, Hardy MF, Kishore N, Knapp JJ, Kovács IA, Lemmens I, Mee MW, Mellor JC, Pollis C, Pons C, Richardson AD, Schlabach S, Teeking B, Yadav A, Babor M, Balcha D, Basha O, Bowman-Colin C, Chin SF, Choi SG, Colabella C, Coppin G, D'Amata C, De Ridder D, De Rouck S, Duran-Frigola M, Ennajdaoui H, Goebels F, Goehring L, Gopal A, Haddad G, Hatchi E, Helmy M, Jacob Y, Kassa Y, Landini S, Li R, van Lieshout N, MacWilliams A, Markey D, Paulson JN, Rangarajan S, Rasla J, Rayhan A, Rolland T, San-Miguel A, Shen Y, Sheykhkarimli D, Sheynkman GM, Simonovsky E, Taşan M, Tejeda A, Tropepe V, Twizere JC, Wang Y, Weatheritt RJ, Weile J, Xia Y, Yang X, Yeger-Lotem E, Zhong Q, Aloy P, Bader GD, De Las Rivas J, Gaudet S, Hao T, Rak J, Tavernier J, Hill DE, Vidal M, Roth FP, Calderwood MA, 
Nature; 2020; 580(7803); 402-408; 32296183


2019

Maximizing binary interactome mapping with a minimal number of assays.

Choi SG, Olivet J, Cassonnet P, Vidalain PO, Luck K, Lambourne L, Spirohn K, Lemmens I, Dos Santos M, Demeret C, Jones L, Rangarajan S, Bian W, Coutant EP, Janin YL, van der Werf S, Trepte P, Wanker EE, De Las Rivas J, Tavernier J, Twizere JC, Hao T, Hill DE, Vidal M, Calderwood MA, Jacob Y, 
Nat Commun; 2019; 10(1); 3907; 31467278


2018

Lmo2 expression defines tumor cell identity during T-cell leukemogenesis.

García-Ramírez I, Bhatia S, Rodríguez-Hernández G, González-Herrero I, Walter C, González de Tena-Dávila S, Parvin S, Haas O, Woessmann W, Stanulla M, Schrappe M, Dugas M, Natkunam Y, Orfao A, Domínguez V, Pintado B, Blanco O, Alonso-López D, De Las Rivas J, Martín-Lorenzo A, Jiménez R, García Criado FJ, García Cenador MB, Lossos IS, Vicente-Dueñas C, Borkhardt A, Hauer J, Sánchez-García I, 
EMBO J.; 2018; 37(14); e98783; 29880602

Encompassing new use cases - level 3.0 of the HUPO-PSI format for molecular interactions.

Sivade Dumousseau M, Alonso-López D, Ammari M, Bradley G, Campbell NH, Ceol A, Cesareni G, Combe C, De Las Rivas J, Del-Toro N, Heimbach J, Hermjakob H, Jurisica I, Koch M, Licata L, Lovering RC, Lynn DJ, Meldal BHM, Micklem G, Panni S, Porras P, Ricard-Blum S, Roechert B, Salwinski L, Shrivastava A, Sullivan J, Thierry-Mieg N, Yehudi Y, Van Roey K, Orchard S, 
BMC Bioinformatics; 2018; 19(1); 134; 29642841

Loss of Pax5 Exploits Sca1-BCR-ABL Susceptibility to Confer the Metabolic Shift Essential for pB-ALL.

Martín-Lorenzo A, Auer F, Chan LN, García-Ramírez I, González-Herrero I, Rodríguez-Hernández G, Bartenhagen C, Dugas M, Gombert M, Ginzel S, Blanco O, Orfao A, Alonso-López D, Rivas JL, De Las Rivas J, Begoña García-Cenador M, García-Cenador MB, Javier García Criado F, García-Criado FJ, Müschen M, Sánchez-García I, Borkhardt A, Vicente-Dueñas C, Hauer J, 
Cancer Res.; 2018; 78(10); 2669-267; 29490943


2017

Infection Exposure Promotes Precursor B-cell Leukemia via Impaired H3K4 Demethylases.

Rodríguez-Hernández G, Hauer J, Martín-Lorenzo A, Schafer D, Bartenhagen C, García-Ramírez I, Auer F, González-Herrero I, Ruiz-Roca L, Gombert M, Okpanyi V, Fischer U, Chen C, Dugas M, Bhatia S, Linka RM, Garcia-Suquia M, Rascón-Trincado MV, Garcia-Sanchez A, Blanco O, García-Cenador MB, García-Criado FJ, Cobaleda C, Alonso-López D, De Las Rivas J, Müschen M, Vicente-Dueñas C, Sánchez-García I, Borkhardt A, 
Cancer Res.; 2017; 77(16); 4365-437; 28630052

loss cooperates with overexpression to promote lymphoma in mice.

García-Ramírez I, Tadros S, González-Herrero I, Martín-Lorenzo A, Rodríguez-Hernández G, Moore D, Ruiz-Roca L, Blanco O, Alonso-López D, Rivas JL, De Las Rivas J, Hartert K, Duval R, Klinkebiel D, Bast M, Vose J, Lunning M, Fu K, Greiner T, Rodrigues-Lima F, Jiménez R, Criado FJG, García Criado FJ, Cenador MBG, García Cenador MB, Brindle P, Vicente-Dueñas C, Alizadeh A, Sánchez-García I, Green MR, 
Blood; 2017; 129(19); 2645-265; 28288979


2016
2015

Infection Exposure is a Causal Factor in B-cell Precursor Acute Lymphoblastic Leukemia as a Result of Pax5-Inherited Susceptibility.

Martín-Lorenzo A, Hauer J, Vicente-Duenas C, Vicente-Dueñas C, Auer F, González-Herrero I, García-Ramírez I, Ginzel S, Thiele R, Constantinescu SN, Bartenhagen C, Dugas M, Gombert M, Schafer D, Blanco O, Mayado A, Orfao A, Alonso-López D, Rivas Jde L, De Las Rivas J, Cobaleda C, García-Cenador MB, García-Criado FJ, Sánchez-García I, Borkhardt A, 
Cancer Discov; 2015; 5(12); 1328-43; 26408659

Unraveling heterogeneous susceptibility and the evolution of breast cancer using a systems biology approach.

Castellanos-Martín A, Castillo-Lluva S, Sáez-Freire Mdel M, Blanco-Gómez A, Hontecillas-Prieto L, Patino-Alonso C, Galindo-Villardón P, Pérez Del Villar L, Martín-Seisdedos C, Isidoro-García M, Abad-Hernández Mdel M, Abad-Hernández MM, Cruz-Hernandez JJ, Rodríguez-Sánchez CA, González-Sarmiento R, Alonso-López D, De Las Rivas J, García-Cenador B, García-Criado J, Lee DY, Lee do Y, Bowen B, Reindl W, Northen T, Mao JH, Perez-Losada J, 
Genome Biol.; 2015; 16(); 40; 25853295


2014

A proteome-scale map of the human interactome network.

Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, Yi S, Lemmens I, Fontanillo C, Mosca R, Kamburov A, Ghiassian SD, Yang X, Ghamsari L, Balcha D, Begg BE, Braun P, Brehme M, Broly MP, Carvunis AR, Convery-Zupan D, Corominas R, Coulombe-Huntington J, Dann E, Dreze M, Dricot A, Fan C, Franzosa E, Gebreab F, Gutierrez BJ, Hardy MF, Jin M, Kang S, Kiros R, Lin GN, Luck K, MacWilliams A, Menche J, Murray RR, Palagi A, Poulin MM, Rambout X, Rasla J, Reichert P, Romero V, Ruyssinck E, Sahalie JM, Scholz A, Shah AA, Sharma A, Shen Y, Spirohn K, Tam S, Tejeda AO, Trigg SA, Twizere JC, Vega K, Walsh J, Cusick ME, Xia Y, Barabási AL, Iakoucheva LM, Aloy P, De Las Rivas J, Tavernier J, Calderwood MA, Hill DE, Hao T, Roth FP, Vidal M, 
Cell; 2014; 159(5); 1212-122; 25416956


2013

Best practices in bioinformatics training for life scientists.

Via A, Blicher T, Bongcam-Rudloff E, Brazas MD, Brooksbank C, Budd A, De Las Rivas J, Dreyer J, Fernandes PL, van Gelder C, Jacob J, Jimenez RC, Loveland J, Moran F, Mulder N, Nyronen T, Rother K, Schneider MV, Attwood TK, 
Brief. Bioinformatics; 2013; 14(5); 528-37; 23803301

iAnn: an event sharing platform for the life sciences.

Jimenez RC, Albar JP, Bhak J, Blatter MC, Blicher T, Brazas MD, Brooksbank C, Budd A, De Las Rivas J, Dreyer J, van Driel MA, Dunn MJ, Fernandes PL, van Gelder CW, Hermjakob H, Ioannidis V, Judge DP, Kahlem P, Korpelainen E, Kraus HJ, Loveland J, Mayer C, McDowall J, Moran F, Mulder N, Nyronen T, Rother K, Salazar GA, Schneider R, Via A, Villaveces JM, Yu P, Schneider MV, Attwood TK, Corpas M, 
Bioinformatics; 2013; 29(15); 1919-21; 23742982


2012
2011

PSICQUIC and PSISCORE: accessing and scoring molecular interactions.

Aranda B, Blankenburg H, Kerrien S, Brinkman FS, Ceol A, Chautard E, Dana JM, De Las Rivas J, Dumousseau M, Galeota E, Gaulton A, Goll J, Hancock RE, Isserlin R, Jimenez RC, Kerssemakers J, Khadake J, Lynn DJ, Michaut M, O'Kelly G, Ono K, Orchard S, Prieto C, Razick S, Rigina O, Salwinski L, Simonovic M, Velankar S, Winter A, Wu G, Bader GD, Cesareni G, Donaldson IM, Eisenberg D, Kleywegt GJ, Overington J, Ricard-Blum S, Tyers M, Albrecht M, Hermjakob H, 
Nat. Methods; 2011; 8(7); 528-9; 21716279


2010
2009
2008
2007

The minimum information required for reporting a molecular interaction experiment (MIMIx).

Orchard S, Salwinski L, Kerrien S, Montecchi-Palazzi L, Oesterheld M, Stümpflen V, Ceol A, Chatr-aryamontri A, Armstrong J, Woollard P, Salama JJ, Moore S, Wojcik J, Bader GD, Vidal M, Cusick ME, Gerstein M, Gavin AC, Superti-Furga G, Greenblatt J, Bader J, Uetz P, Tyers M, Legrain P, Fields S, Mulder N, Gilson M, Niepmann M, Burgoon L, De Las Rivas J, Prieto C, Perreau VM, Hogue C, Mewes HW, Apweiler R, Xenarios I, Eisenberg D, Cesareni G, Hermjakob H, 
Nat. Biotechnol.; 2007; 25(8); 894-8; 17687370


2006
2005
2004
-

[Bone metastases].

Vicent S, Luis-Ravelo D, Antón I, Hernández I, Martínez S, De Las Rivas J, Gúrpide A, Lecanda F, 
An Sist Sanit Navar; -; 29(2); 177-88; 17001355

Patents

  • Méthode de diagnostic in vitro de patients souffrant d'un lymphome splénique de la zone marginale
    Hernández Rivas Jesús María / García Hernández Juan Luis / Robledo Montero Cristina
    ES2371000 (A1) WO2011154579 (A1); 2010-06-07

  • Uso de sondas para el diagnóstico del linfoma esplenico de la zona marginal
    Hernández Rivas Jesús María / García Hernández Juan Luis
    ES2284408 (A1); 2007-01-30

  • Experimental models for non-microcytic lung cancer metastasis to bone
    Lecanda Cordero Fernando /Vicent Cambra Silvestre / De Las Rivas Sanz Francisco Ja
    WO2008031910 (A2); 2006-09-15

Group
  • Natalia Alonso Moreda Natalia Alonso Moreda

    Natalia Alonso Moreda

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    Jesús Antolín Saiz

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    Email: monica_arroyo@pucpr.edu

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    Melany Castillo Amado

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    Irelka Colina Moreno

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    Cristina Silvia Cornejo Rodríguez

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    Carolina Cortes Urrea

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    Enrique de la Rosa Morón

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    Javier de las Rivas Sanz

    Bioinformatics and Functional Genomics

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    Dr. Javier De Las Rivas
    Grupo de Investigación Bioinformática y Genómica Funcional
    Laboratorio 19
    WEB PAGE: http://bioinfow.dep.usal.es/

    +34 923 294819
    +34 923 294743
    jrivas(at)usal(.)es

    Centro de Investigación del Cáncer (CiC-IBMCC, Universidad de Salamanca-CSIC)
    Campus Universitario Miguel de Unamuno s/n
    37007 Salamanca
    SPAIN

    Biography

    MSc in Biology and PhD in Biochemistry and Molecular Biology by the University of the Basque Country (1990). From 1990 to 1993 Post-Doctoral Researcher at the Imperial College of Science, Technology and Medicine (London, UK). From 1993 to 1998 Associate Professor in the Department of Biochemistry and Molecular Biology of the University of the Basque Country at the Faculties of Pharmacy and Science, teaching Biochemistry, Biomolecules and Metabolism Regulation. In 1998 gained a position as "Cientifico Titular" in the CSIC and in 2006 he became "Investigador Cientifico". His research as experimental biochemist focused on biochemical studies on protein structure and function, mainly on redox proteins. Since 1998, he works in the new field of Bioinformatics and Systems Biology, with two stays for specialization in 1998 in the EMBL (Heidelberg, Germany) and in 2000-2001 in the Mount Sinai School of Medicine (New York, USA). Since 2002 he is staff scientist in the CIC (Salamanca, Spain) and leader of a research group in Bioinformatics, Functional Genomics and Systems Biology.

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    Katia De Paiva Lopes

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